Vì có thân hình quá nhỏ bé nên giống chó Chihuahua có khá nhiều vấn đề về sức khỏe. Do có chiếc mũi ngắn nên Chihuahua có thể thở khò khè và thậm chí có thể ngáy khi ngủ. Cặp mắt to quá khổ của chúng dẫn đến việc dễ mắc các bệnh màng sừng tuyến lệ hay đục thủy tinh thể thứ cấp. Dễ bị ngạt thở bởi dây xích cổ, dễ mắc các bệnh về răng lợi, thấp khớp, không chịu được lạnh, dễ bị căng thẳng. Không được để cho chúng liếm hoặc ăn các sản phẩm có độc tính, phân hoặc sô cô la.

Nên cho ăn có chừng mực để tránh bị béo phì. Cún con Chihuahua khi đẻ ra đã có cái đầu khá to, vì vậy cần phải được mổ đẻ bởi các bác sĩ thú y giàu kinh nghiệm. Trong lúc bé, chúng dễ bị gãy xương hay các tai nạn khác. Một số dòng Chihuahua xương chẩm không phát triển hết nên trên sọ vẫn tồn tại lỗ hổng trong suốt đời. Việc này có thể càng làm cho chúng dễ bị tổn thương.